螺旋藻共有35种，在分类地位上属于蓝藻门、蓝藻纲、颤藻目、颤藻科、螺旋藻属。常用于培养的螺旋藻有钝顶螺旋藻、极大螺旋藻和盐泽螺旋藻。而作为保健品食用的主要是极大螺旋藻（学名Arthrospira maxima）及钝顶螺旋藻（学名Arthrospira platensis）。这两个品种原先被分入螺旋藻属（学名Spirulina），后被分入节螺藻属，但习惯上仍被称作“螺旋藻”。

        极大螺旋藻

        与其它蓝藻一样，极大螺旋藻细胞内没有真正的细胞核，与钝顶螺旋藻相比，藻丝更长，螺距更宽，但营养价值不如钝顶螺旋藻高。

        钝顶螺旋藻

        钝顶螺旋藻一般为蓝绿色，多细胞型，圆柱形螺旋状的丝状体，单生或集群聚生，藻丝直径5-10μm。细胞近方形，胞宽6-8微米，长2-6微米，先端钝形，螺旋数2-7个。末端不尖细或略细，末端细胞宽圆形，横壁略收缢，横壁无颗粒。藻体可以颤动和旋转运动，常像围绕着一个纵轴很快旋转，向前爬行。细胞内含物均匀，无真正的细胞核。由于体内的藻红素和藻蓝素等的数量不同，而呈现不同体色，如蓝绿色、黄绿色或紫红色等。并有纤弱的横隔壁。